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Boletín No. 4

Agosto de 2016
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Boletín No. 4

Versión 2 de BioModelos

Becas participación en modelatones

Publica tus modelos de distribución

Nuevos grupos - Peces, Orquídeas, Mariposas -

Boletín No. 3

Mayo de 2016
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Boletín No. 3

Modelamiento aves acuáticas, magnolias y zamias

Nueva imagen y funcionalidad

Taller “Moderadores y modeladores de BioModelos”

Nuevos grupos - Herpetos, Aves, Primates -

Boletín No. 2

Diciembre de 2015
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Boletín No. 2

Modelos para 444 especies

Kit BioModelos para mayor actividad

Incorporación de aportes de expertos

Actualizaciones a aplicación BioModelos

Boletín No. 1

Octubre de 2015
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Boletín No. 1

Grupos temáticos en BioModelos

Campaña especie del Mes: Frailejón

Taller BioModelos: Zamias y Magnolias

Editorial

Publicado por César Gutiérrez · Ago 2016

El 2 diciembre de 2014 se realizó el lanzamiento de la primera versión de BioModelos. Con el reto claro de documentar la distribución de la biodiversidad del país, pero sin saber muy bien cómo hacerlo, asumimos la tarea de probar distintas metodologías de modelamiento y manejo de información, tecnologías de desarrollo, diseños y modelos operativos, con el fin de condensar nuestra visión: construir una red de expertos que con sus aportes contribuya a construir y mejorar el conocimiento sobre la distribución de las especies del país. En resumen: “mejores modelos con el apoyo de expertos”.

Ahora, año y medio después, nos lanzamos a un nuevo reto: “una mejor herramienta con la ayuda de expertos”. Gracias a su realimentación sobre los distintos aspectos que componen BioModelos, nos disponemos a lanzar una nueva versión que esperamos refleje lo aprendido con ustedes en este tiempo.

Reconstruida completamente, con cambios en su diseño, navegabilidad y funcionalidad, la nueva versión cuenta con un sistema mejorado de búsqueda, curación de registros y desarrollo colaborativo de mapas. Además, se agregan desarrollos en el componente de red social de BioModelos, entre ellos notificaciones, directorios y herramientas para el seguimiento de la actividad de grupos y expertos. Por último, esta versión cuenta con varios documentos y ayudas para entender y manejar mejor la herramienta.

He acá una pequeña muestra de BioModelos Versión 2. Gracias por acompañarnos este tiempo y esperamos seguir contando con ustedes.

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Becas para la participación en modelatones

El equipo de BioModelos en conjunto con los moderadores de los grupos de aves, aves acuáticas y herpetos realizará una modelatón en el V Congreso Colombiano de Ornitología (7 de Noviembre) y en el I Congreso Colombiano de Herpetología (19 de Noviembre). La principal actividad de cada modelatón consistirá en el desarrollo colaborativo de modelos de distribución de un conjunto preseleccionado de especies, los cuales serán publicados tanto en BioModelos como en la publicación electrónica “Atlas de la Biodiversidad de Colombia”, con la autoría de quienes participen de la actividad.

Los interesados en participar de cualquiera de las dos modelatones deberán manifestar su interés aquí. Se otorgará un máximo de 15 medias becas por evento a estudiantes de pregrado o postgrado, especialmente a asistentes con ponencias sometidas al congreso, aplicaciones de socios ACO/ACH y usuarios registrados en BioModelos en los grupos de Aves de Colombia, Aves Acuáticas de Colombia y Herpetos de Colombia (el registro es libre).

Los asistentes deberán llevar un computador portátil (no debe ser tableta o teléfono inteligente) para el desarrollo de la actividad. La fecha límite para la recepción de aplicaciones a la modelatón del congreso de ornitología es el 22 de agosto de 2016 y del congreso de herpetología el 5 de septiembre.

publica tus modelos de distribución en BioModelos

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Cada vez existen más profesionales que desarrollan modelos de distribución como parte de distintas investigaciones en el país. Reconociendo el importante aporte de estos ejercicios de modelamiento al entendimiento sobre las distribuciones de las especies del país, BioModelos abre el espacio “Publica tu mapa”. Allí investigadores en el área de modelamiento de distribución podrán facilitar la consulta y descarga de sus modelos, así como recibir retroalimentación sobre los mismos. Entérate más sobre este nuevo espacio y sus beneficios consultando la guía de publicación de modelos y contribuye a través del formulario de publicación (requiere inicio de sesión).

ACTUALIDADES GRUPOS BIOMODELOS

Peces dulceacuícolas

Moderado por Carlos DoNascimiento quien actualmente se desempeña como curador de la colección de peces de agua dulce del Instituto Humboldt.

Orquídeas de Colombia

Iniciativa de los estudiantes Samuel Monsalve Correa (Universidad de Antioquia) y Jairo Santiago García Revelo (Universidad del Valle) quienes se encargarán de consolidar el grupo de moderadores, convocar especialistas por grupo taxonómico y realizar una selección de géneros y especies a trabajar.

Mariposas de Colombia

Grupo moderado por la entomóloga Blanca Huertas, curadora principal de la Colección de Mariposas del Museo Británico de Historia Natural en Londres y miembro de los comités directivos del grupo especialista en mariposas de la IUCN, Butterfly International Network y el North American Butterflies Association.

Si quieres proponer un nuevo grupo o colaborar como moderador, puedes leer la guía para moderadores de grupo en BioModelos y escribirnos a biomodelos@humboldt.org.co.

NOVEDADES

BioModelos participará el último día del II Taller de calidad de datos del SiB Colombia con una charla sobre cómo se usan los registros biológicos en el desarrollo de modelos de distribución de especies.

Atendiendo la invitación del grupo de trabajo de GEO-BON sobre distribuciones de especies, Jorge Velásquez presentó BioModelos en el GEO-BON Open Science Conference & All Hands Meeting, destacando su carácter de construcción colaborativa de conocimiento como un mecanismo para llenar el vacío de Wallace en países altamente diversos pero con información biológica escasa y sesgada. El resumen de la conferencia y la presentación se encuentran en este enlace.

En el mes de octubre se realizará un taller BioModelos de especies endémicas y amenazadas de bosque seco, junto con el programa de ciencias de la biodiversidad del Instituto Humboldt.

Editorial

Publicado por Jorge Velásquez · May 2016

El 2016 empezó para el equipo BioModelos con un replanteamiento de la estrategia a partir de la cual buscamos convertirnos en el referente para la consulta de distribución de las especies en Colombia. Además de cerrar los ciclos de procesos de modelamiento con conjuntos de datos curados (aves acuáticas, magnolias y zamias), este año buscamos acelerar el desarrollo de modelos validados de distribución. Para lograrlo, estamos trabajando con los moderadores de grupos para elaborar el listado de especies que cada grupo está interesado en modelar así como en la identificación de los expertos que acompañarían dicho proceso. Adicionalmente, reconociendo los esfuerzos previos de mapeo y modelamiento de nuestra biodiversidad, iniciaremos una campaña para la publicación de modelos a través de BioModelos. Estimamos que mediante esta estrategia podríamos publicar durante este año modelos validados por expertos para más de 1000 especies.

La implementación de esta estrategia viene acompañada de una completa renovación de la imagen y funcionalidad de BioModelos. Se incorporarán nuevas herramientas para la curaduría de registros, la creación de mapas de expertos y la publicación de modelos. El proceso de desarrollo de modelos híbridos será considerablemente simplificado. Los perfiles de grupos y de expertos se modificarán para seguir mejor el avance de los grupos en los procesos de modelamiento, así como para visibilizar y visualizar mejor los aportes de cada experto, respectivamente. Todo esto vendrá acompañado de una nueva lógica de navegación y una amplia documentación que permitirá que el uso de la página sea más intuitivo. Los invito a estar pendientes del lanzamiento de la versión 2.0 de BioModelos en el segundo semestre del año.

TALLER MODERADORES Y MODELADORES DE BIOMODELOS

Publicado por Jorge Velásquez · May 2016
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El 10 de marzo de 2016 se realizó el taller “Moderadores y modeladores de BioModelos” en la ciudad de Medellín, convocado por el Laboratorio de Biogeografía Aplicada del Instituto Humboldt. El taller contó con la participación de siete moderadores de los grupos conformados en BioModelos y seis modeladores, quienes aportaron valiosas ideas en la construcción de la agenda de modelamiento 2016. Los principales temas que se trataron en el taller fueron la definición de un flujo de trabajo para la curaduría de datos y los procesos de validación y publicación de modelos consenso o modelos realizados por modeladores externos. Con estos nuevos insumos, el equipo de BioModelos se concentrará en consolidar y ejecutar las agendas de trabajo para 2016, lo que permitirá publicar los modelos de distribución consenso de las especies priorizadas por cada uno de los grupos. Consulta aquí la memoria de la reunión.

ACTUALIDADES GRUPOS BIOMODELOS

Publicado por Jorge Velásquez · May 2016
Herpetos de Colombia

Este grupo será moderado por Juan M. Daza (Universidad de Antioquia) y Nicolás Urbina (Universidad Javeriana). Para el 2016, el grupo se enfocará en el desarrollo y validación de modelos de anfibios de páramo los cuales servirán como insumo para la evaluación de su riesgo de extinción.

Aves de Colombia

La agenda de modelamiento del grupo aves de Colombia incluye 57 especies, entre las cuales están todos los búhos de Colombia.

Primates de Colombia

El grupo Primates de Colombia actualmente trabaja en la compilación y curación de registros biológicos (ver +) de todos los primates colombianos para el desarrollo de modelos de distribución a partir del segundo semestre del 2016.

NOVEDADES

Publicado por Jorge Velásquez · May 2016

Nuestro equipo de trabajo está desarrollando un procedimiento para la publicación de modelos de distribución en BioModelos. Manifiesta tu interés en publicar tus modelos aquí.

En el mes de Abril fue creado el grupo BioModelos Odonatos de Colombia bajo la administración de Juan Camilo Lara. Este es el primer grupo sobre invertebrados en BioModelos. ¡Bienvenidos odonatólogos!

Oswaldo Cortés (Bogotá Birding), quien registra un total de 36 aportes durante marzo en BioModelos, es el ganador del kit BioModelos de ese mes. Felicitaciones Oswaldo y gracias por tus aportes.

Nuevos modelos publicados

Publicado por Jorge Velásquez · Dic 2015
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Contamos con una nueva generación de modelos para 444 especies que han registrado actividad en BioModelos y para saber cuál hipótesis representa mejor su distribución necesitamos tu colaboración. Es muy sencillo (y toma menos de 1 minuto):

Consulta el listado de especies y utiliza las estrellas para calificar la hipótesis que mejor representa su distribución. Se considerará como el mejor modelo disponible aquel que tenga la mayor calificación, siempre y cuando ésta sea superior a 3. Los 10 expertos con mayor actividad registrada en BioModelos recibirán un kit BioModelos (mug, libro, caja de notas y afiche) por correo físico.

Incorporación de aportes de expertos A MODELOS DE DISTRIBUCIÓN

Publicado por Jorge Velásquez · Dic 2015

Desde la realización de las primeras pruebas de BioModelos con expertos, hemos recibido 432 reportes de errores de identificación y/o georeferenciación (105 spp.), 347 nuevos registros (144 spp.), 2967 calificaciones de modelos (363 spp.), 1003 ediciones a modelos (274 spp.) y 2953 registros sobre preferencias de hábitat (238 spp.). En la nueva generación de modelos publicada en BioModelos, estos aportes han sido incorporados para las 444 especies que han registrado algún tipo de actividad:

(1) corriendo de nuevo los modelos usando tres métodos de modelamiento con las modificaciones sugeridas por expertos y usando también una descarga de bases de datos en línea reciente; (2) generando modelos híbridos para las especies que han tenido actividad de calificaciones y ediciones (visible en la pestaña “validación”) y (3) desarrollando modelos nivel 2 para aquellas especies que han registrado aportes sobre sus preferencias de hábitat en BioModelos (complementados con información secundaria).

Novedades BioModelos

Publicado por Jorge Velásquez · Dic 2015
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La nueva actualización de BioModelos incluye:

Búsqueda

La experiencia de usuario ha cambiado para disminuir la cantidad de pasos a seguir en el proceso de búsqueda de una especie. Ahora en la caja de búsqueda podrá consultar directamente todas las especies con modelos, o aplicar un filtro para buscar dentro de una categoría taxonómica específica.

Calificación

Ahora sólo es posible calificar un modelo por pestaña (Validación, Bioclim, BRT o Maxent). Esto simplifica el proceso de análisis de las calificaciones sometidas por expertos. Sin embargo, la calificación puede ser modificada o se puede elegir otro modelo de la misma pestaña una vez se haya eliminado la calificación anterior.

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Navegación

Los nuevos modelos de distribución cuentan con cuatro pestañas:

Validación
Se muestran los modelos nivel 1 (clima) y 2 (clima y coberturas vegetales) desarrollados por el laboratorio de biogeografía aplicada usando validación estadística (modelo inductivo), la versión BioModelos con los aportes realizados por expertos (modelo híbrido) y el mapa de expertos existente para cada especie (modelo deductivo).

Bioclim, BRT y Maxent
Se muestran 4 umbrales para cada método. Mediante la calificación de los mismos por expertos se desarrolla el modelo híbrido.

Descarga
Dados los problemas presentados con la manipulación de archivos KMZ en software SIG, hemos dispuesto la descarga de la nueva generación de modelos.

Interactúa con la red BioModelos utilizando las nuevas funciones de grupos

Publicado por Jorge Velásquez · OCT 2015

Los usuarios de BioModelos ahora podrán interactuar entre si y recibir notificaciones de la actividad registrada en la plataforma sobre sus especies de interés, uniéndose a alguno de los grupos temáticos existentes en BioModelos o sugiriendo la creación de uno nuevo.

Cada grupo consta de moderadores y miembros. Los moderadores son expertos que se postulan de manera voluntaria o son elegidos por la comunidad y su función es revisar y aprobar el ingreso de nuevos miembros así como vincular especies al grupo. Asimismo pueden enviar comunicados a todos los usuarios, actualizar el perfil del grupo y servir de puente para transmitir solicitudes de los usuarios al equipo coordinador de BioModelos. Los miembros reciben notificaciones de la actividad sobre las especies del grupo, sugieren especies y pueden invitar a otros expertos a unirse al grupo.

Consulta el directorio de grupos para unirte o sugerir un nuevo grupo. Además, actualizando tu perfil podrás escoger la frecuencia con que recibirás notificaciones de BioModelos y adicionar una imagen a tu perfil.

Campaña especie del mes

Publicado por Jorge Velásquez · OCT 2015
Frailejon

La campaña especie del mes busca acercar a expertos en distintos grupos taxonómicos a BioModelos mediante la generación de un modelo consenso de distribución. Una de las campañas más exitosas se realizó durante los meses de abril y mayo con la Reinita del Canadá, en asocio con Calidris, líderes de la Iniciativa Internacional de Conservación de la Reinita de Canadá en Colombia. Mediante esta campaña obtuvimos un total de 267 aportes de 23 expertos que permitieron la generación de un modelo consenso para la temporada de paso y de invierno de la reinita. Además se identificaron 48 registros con georeferencias dudosas e ingresaron 17 nuevos registros a la base de datos que a futuro permitirán el desarrollo de mejores modelos para esta especie.

En enero iniciaremos la campaña Especie del mes: Frailejón (Espeletia hartwegiana). Entérate cómo participar siguiendo al Instituto Humboldt a través de redes sociales o suscribiéndote al boletín BioModelos. ¿Quieres proponer una especie? ¡Escríbenos a biomodelos@humboldt.org.co!

Taller BioModelos:
Zamias y Magnolias

Publicado por Jorge Velásquez · OCT 2015
Zamiasym

El pasado 9 y 10 de septiembre, el Laboratorio de Biogeografía Aplicada y el Programa de Ciencias de la Biodiversidad del Instituto Humboldt ofrecieron el taller de BioModelos para expertos en Zamias y Magnolias. En este taller participaron botánicos pertenecientes a varias universidades, jardines botánicos CARs y ONGs del país quienes validaron la información base y los modelos de distribución generados para 54 especies pertenecientes a estos grupos. Como resultado de la activa participación de los expertos invitados, se generaron mapas de experto para 13 especies de Magnolias, se incorporaron 70 nuevos registros en la base de datos y se generó un mapa híbrido (modelo estadístico mejorado con opinión de expertos) para Magnolia hernandezii. Adicionalmente, durante el taller realizamos la primera prueba en campo de la nueva funcionalidad de grupos de BioModelos, con la constitución de los grupos Zamias de Colombia y Magnolias de Colombia.

Visita BioModelos y conoce los nuevos modelos de Magnolias y Zamias de Colombia.

Próximos eventos

Taller Invasoras – Enero 2016.